由于目前对孤独症的发病原因尚不能做出明确的解释，诊断标准也停留在对患儿行为症状的观察上，所以医生很难在作出诊断的同时对该患儿的障碍程度进行评判。总体来说，以下三个方面的因素可以作为参考：

(1)障碍发生的时间：障碍开始的时间越早，中枢神经系统的发育障碍也就越早，其后果就越严重；障碍的程度常常无法确定，但是障碍肯定存在，障碍越是严重，其发展和预后就越不容乐观。

(2)障碍的原因：虽然具体的致病原因不明，但研究证明，孤独症儿童是多因素致病。换句话说，患儿A和患儿B同样表现出孤独症症状，但导致他们患病的原因可能并不一样。研究者认为，因维生素B6缺乏或酶功能障碍引起的新陈代谢异常所导致的儿童孤独症，如能得到及时的发现和治疗，患儿大脑的结构就不会受到严重损伤，脑功能的发展就会具有较大的潜力。

(3)幼儿时期的智能及语言能力：一般说来，在5-6岁时具备一定语言能力和智力活动能力的儿童，也有较好的发展基础。有些孤独症儿童讲话很迟或根本不会说话，却可以学会书写和使用手势语，在某些方面表现出的良好发展趋势常常令人吃惊。